無菌水則通常是指通過物理方法對含有菌團的水進行處理而得到不含細菌的水。如蒸汽法,UHT熱法,紫外線殺菌、臭氧方法和物理過濾法，將水中微生物殺死并過濾而得到的水,水中的無機鹽等一般來說不會減少。

制備方法：
其一是采用UHT熱法制備，這種方法常用于無菌灌裝的包材沖洗；
其二是采用化學法制備，如添加二氧化lv、次氯酸等，這種方法常用于熱灌裝的包材沖洗；
其三是采用臭氧方法制備，這種方法用于在瓶裝水的沖洗。
飲用/醫用無菌水：中空纖維超濾膜。
實驗室無菌水：將100mL水加入200mL或250mL三角瓶中，加棉塞、包扎、高壓滅菌。

區別于蒸餾水：
無菌水用冷水熱開后冷卻經過高溫殺菌制作的,適合密封無菌保存。蒸餾水是熱水燒開后的蒸氣形成的水滴形式（也基本無菌，比無菌水容易制作且好取制，量少）。